Pada tanggal 1 Maret 1952 terbentuklah di Ende Kantor Urusan Agama Daerah Flores (KUADF) yang wilayah kerja pada masa itu meliputi seluruh wilayah di daratan Flores dengan pimpinan pertama Bapak Samuel Zadrak Bokotei. Tahun 1954 pada setiap wilayah (sekarang kabupaten) dibentuk Kantor Urusan Agama Kecamatan Khususnya Kantor Urusan Agama Kecamatan Flores Tengah di Ende meliputi daerah Ngada. KUA Kecamatan Flores Timur berkedudukan di Waiwerang; KUA Kecamatan Sikka berkedudukan di Maumere; dan KUA Kecamatan Flores Barat berkedudukan di Reo.
Pada tahun 1952 terbentuk juga Kantor Pendidikan Agama Daerah Flores yang berkedudukan di Waiwerang Flores Timur dan pada tahun 1954 dipindahkan ke Ende. Pada bulan Oktober 1954 pimpinan Kantor Urusan Agama Daerah Flores diserahterimakan kepada Bapak Jan Kiapoli, yang dimutasikan dari Makasar (sekarang Ujung Pandang). Pada tanggal 27 April 1965 Pimpinan Kepala Kantor Urusan Agama Daerah Flores di serahterimakan kepada Bapak Arkadius Pando, BA., berdasarkan Surat Keputusan Kepala Jawatan Urusan Agama tanggal 2 Maret 1965 Nomor : B.IV/2/b-14/675, karena Bapak Jan Kiapoli terpilih menjadi Ketua DPRD I Propinsi NTT.
Pada tahun 1967 keluarlah Keputusan Menteri Agama Nomor 91 tahun 1967 tentang struktur dan tata kerja Departemen Agama di daerah yang baru. Dan sesuai jiwa KMA Nomor 91 tahun 1967 maka KUAD Flores diubah menjadi Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Ende dan wilayah lain di Daerah Flores terbentuk juga Perwakilan Departemen Agama Kabupaten yaitu: Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Sikka; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Flores Timur; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Ngada; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Manggarai.
Pada setiap Kabupaten dibentuk Dinas-Dinas agama sebagai unit kerja. Di Kabupaten Ende terdapat Dinas – Dinas Agama tersebut antara lain: Dinas Urusan Agama Islam, Dinas Pendidikan Agama Islam, Dinas Penerangan Agama Islam, dan Dinas Agama Katolik. Pada tahun 1972 lahir pula struktur organisasi dan tata kerja Departemen Agama yang baru yaitu berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 36 tahun 1972. Dalam KMA Nomor 36 tahun 1972 istilah Dinas Agama diubah menjadi inspeksi agama.
Sesuai dengan perkembangan dan kemajuan pembangunan bangsa, maka tugas pokok dan susunan tata kerja departemen-departemen ditetapkan kembali berdasarkan KEPPRES Nomor: 44 dan 45 tahun 1974. Hal ini membawa perubahan pula pada struktur organisasi dan tata kerja Departemen Agama yaitu dengan keluarnya keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1975 tentang Struktur dan Tata Kerja Departemen Agama yang baru yang disesuaikan dengan KEPPRES Nomor 44 dan 45 tahun 1974. Dalam struktur ini istilah Perwakilan diubah menjadi Kantor Departemen Agama Kabupaten. Dan unit-unit kerja yang ada dengan sebutan Inspeksi diubah menjadi seksi.
Pada tahun 1981 keluar pula Keputusan Menteri Agama Nomor 45 Tahun 1981 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama Propinsi/Kabupaten dan Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Departemen Agama. Dalam KMA Nomor 45 tahun 1981 ini ditetapkan dalam beberapa tipologi. Propinsi NTT ditetapkan dalam tipologi II. Kabupaten Ende ditetapkan dalam tipologi V. Sesuai peninjauan kedudukan, tugas dan fungsi serta susunan organisasi tersebut, maka pada Kantor Departemen Agama Kabupaten Ende mengalami perubahan dan penambahan unit pelaksana yaitu : Penyelenggara Penerangan Agama Islam diubah/ditingkatkan menjadi Seksi Penerangan Agama Islam dan penambahan unit kerja baru yaitu: Penyelenggara Bimas Kristen Protestan. Pada tahun 1984 penambahan unit kerja baru yaitu Penyelenggara Urusan Haji.
Pada Tahun 2002 dikeluarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 373 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota (disempurnakan) Dalam KMA 373 ada beberapa perubahan yaitu : Penyederhanaan tipologi Kanwil dan Depag menjadi masing-masing 3 Tipologi dengan pengembangan variabel dari setiap tipologi sesuai dengan kondisi pelayanan kehidupan beragama pada setiap daerah. Kantor Departemen Agama Kabupaten Ende masuk dalam tipologi II.D dengan susunan organisasi sebagai berikut : Sub Bagian Tata Usaha; Seksi Urusan Agama Islam dan Penyelenggara Haji; Seksi Kependidikan Agama Islam dan Pemberdayaan Masjid; Seksi Urusan Agama Katolik; Seksi Pendidikan Agama Katolik; Penyelenggara Bimbingan Zakat dan Wakaf; Penyelenggara Bimas Kristen. Sedangkan jJabatan Struktural Eselon V dihilangkan dan berdasarkan PP.No.100 Tahun 1999 selanjutnya dialihkan ke dalam jabatan fungsional Penyuluh Agama.
Pada tahun 1952 terbentuk juga Kantor Pendidikan Agama Daerah Flores yang berkedudukan di Waiwerang Flores Timur dan pada tahun 1954 dipindahkan ke Ende. Pada bulan Oktober 1954 pimpinan Kantor Urusan Agama Daerah Flores diserahterimakan kepada Bapak Jan Kiapoli, yang dimutasikan dari Makasar (sekarang Ujung Pandang). Pada tanggal 27 April 1965 Pimpinan Kepala Kantor Urusan Agama Daerah Flores di serahterimakan kepada Bapak Arkadius Pando, BA., berdasarkan Surat Keputusan Kepala Jawatan Urusan Agama tanggal 2 Maret 1965 Nomor : B.IV/2/b-14/675, karena Bapak Jan Kiapoli terpilih menjadi Ketua DPRD I Propinsi NTT.
Pada tahun 1967 keluarlah Keputusan Menteri Agama Nomor 91 tahun 1967 tentang struktur dan tata kerja Departemen Agama di daerah yang baru. Dan sesuai jiwa KMA Nomor 91 tahun 1967 maka KUAD Flores diubah menjadi Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Ende dan wilayah lain di Daerah Flores terbentuk juga Perwakilan Departemen Agama Kabupaten yaitu: Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Sikka; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Flores Timur; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Ngada; Perwakilan Departemen Agama Kabupaten Manggarai.
Pada setiap Kabupaten dibentuk Dinas-Dinas agama sebagai unit kerja. Di Kabupaten Ende terdapat Dinas – Dinas Agama tersebut antara lain: Dinas Urusan Agama Islam, Dinas Pendidikan Agama Islam, Dinas Penerangan Agama Islam, dan Dinas Agama Katolik. Pada tahun 1972 lahir pula struktur organisasi dan tata kerja Departemen Agama yang baru yaitu berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 36 tahun 1972. Dalam KMA Nomor 36 tahun 1972 istilah Dinas Agama diubah menjadi inspeksi agama.
Sesuai dengan perkembangan dan kemajuan pembangunan bangsa, maka tugas pokok dan susunan tata kerja departemen-departemen ditetapkan kembali berdasarkan KEPPRES Nomor: 44 dan 45 tahun 1974. Hal ini membawa perubahan pula pada struktur organisasi dan tata kerja Departemen Agama yaitu dengan keluarnya keputusan Menteri Agama Nomor 18 tahun 1975 tentang Struktur dan Tata Kerja Departemen Agama yang baru yang disesuaikan dengan KEPPRES Nomor 44 dan 45 tahun 1974. Dalam struktur ini istilah Perwakilan diubah menjadi Kantor Departemen Agama Kabupaten. Dan unit-unit kerja yang ada dengan sebutan Inspeksi diubah menjadi seksi.
Pada tahun 1981 keluar pula Keputusan Menteri Agama Nomor 45 Tahun 1981 tentang Struktur Organisasi dan Tata Kerja Departemen Agama Propinsi/Kabupaten dan Balai Diklat Pegawai Teknis Keagamaan Departemen Agama. Dalam KMA Nomor 45 tahun 1981 ini ditetapkan dalam beberapa tipologi. Propinsi NTT ditetapkan dalam tipologi II. Kabupaten Ende ditetapkan dalam tipologi V. Sesuai peninjauan kedudukan, tugas dan fungsi serta susunan organisasi tersebut, maka pada Kantor Departemen Agama Kabupaten Ende mengalami perubahan dan penambahan unit pelaksana yaitu : Penyelenggara Penerangan Agama Islam diubah/ditingkatkan menjadi Seksi Penerangan Agama Islam dan penambahan unit kerja baru yaitu: Penyelenggara Bimas Kristen Protestan. Pada tahun 1984 penambahan unit kerja baru yaitu Penyelenggara Urusan Haji.
Pada Tahun 2002 dikeluarkan Surat Keputusan Menteri Agama RI Nomor 373 tentang Organisasi dan Tata Kerja Kantor Wilayah Departemen Agama Propinsi dan Kantor Departemen Agama Kabupaten/Kota (disempurnakan) Dalam KMA 373 ada beberapa perubahan yaitu : Penyederhanaan tipologi Kanwil dan Depag menjadi masing-masing 3 Tipologi dengan pengembangan variabel dari setiap tipologi sesuai dengan kondisi pelayanan kehidupan beragama pada setiap daerah. Kantor Departemen Agama Kabupaten Ende masuk dalam tipologi II.D dengan susunan organisasi sebagai berikut : Sub Bagian Tata Usaha; Seksi Urusan Agama Islam dan Penyelenggara Haji; Seksi Kependidikan Agama Islam dan Pemberdayaan Masjid; Seksi Urusan Agama Katolik; Seksi Pendidikan Agama Katolik; Penyelenggara Bimbingan Zakat dan Wakaf; Penyelenggara Bimas Kristen. Sedangkan jJabatan Struktural Eselon V dihilangkan dan berdasarkan PP.No.100 Tahun 1999 selanjutnya dialihkan ke dalam jabatan fungsional Penyuluh Agama.